[誰か教えて！]ディレクトリが見えない、だけど、あるみたい・・？！

こういう事ってあるんだろうか？？
Linuxサーバーに詳しい方がいましたら、お教え願いたい。

某レンタルサーバー（Linuxサーバー）にてＸＯＯＰＳを運用していました。
ところが、不具合等が報告されて、調べてみたところ、あるモジュールに問題があると判明した。
で、そのモジュールをＸＯＯＰＳからアンインストールし、一旦、ファイルを削除して、再度、ファイルをアップロードする事にした。（モジュールのバージョンを最新にする意味もあったので）

FTPより、ファイルを削除、しかし、/modules/xxxx/ というモジュールのディレクトリが削除できない。
その内部のファイルは削除されてるみたいなので（ＦＴＰからは、そう見えた）、その後、ファイルをアップロードしてみた。
ところが、アップロード出来ない！！
/modules/xxxx/blocks/ というディレクトリだけが、アップロード出来ない。
そこに、/modules/xxxx/blocks/ というディレクトリを作成する事も出来ない。
で、rmdir ('/home/xxxxxxx/public_html/modules/xxxx/blocks/'); を実行してみても消せない・・・。
どうもhidden(?)のような形で残ってように感じられる。

ＦＴＰからは、どうしようもないので、サーバー側にお願いして、そのディレクトリを削除してもらう事にした。
その後、正常にアップロードが出来るようになり、問題は無かった。

ところが、数日後、別の不具合が報告された。
今度は、「お問合せ」からメールが送れないだ。
よくよく調べてみると、 /class/mail/ ディレクトリが丸ごと無い！！！（ＦＴＰからは、全く見えない）
こんなコア部分のディレクトリを消すわけが無い！
ところが、アップロードしようにも、出来ない。
ディレクトリを作成しようにも、作成できない。
前と同じように、hidden(?)みたいな感じで、存在するようだ！

これも、緊急でサポートにお願いした。

こんな事って、どうしたら発生するんだろう？？？？
私には、見当もつかない。
また、他にもまだ存在するんじゃないかと思うと、心配になってきた。

どう思います？？